COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-10 17:00:00 7.145265 7.145265 4.526031
2020-10-09 17:00:00 6.901159 3.653555 4.414606
2020-10-08 17:00:00 6.462274 4.001595 4.325328
2020-10-07 17:00:00 4.575367 4.575367 4.204587
2020-10-06 17:00:00 4.282309 4.282309 4.090519
2020-10-05 17:00:00 6.174934 3.327289 3.949813
2020-10-04 17:00:00 4.342553 4.342553 3.841665

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-10 17:00:00 7.148289 7.148289 4.664726
2020-10-09 17:00:00 7.002039 3.331067 4.535076
2020-10-08 17:00:00 5.970149 5.970149 4.350104
2020-10-07 17:00:00 3.940568 3.940568 4.174436
2020-10-06 17:00:00 4.824121 4.824121 4.023277
2020-10-05 17:00:00 4.087193 4.087193 3.763966
2020-10-04 17:00:00 2.988691 2.988691 3.615189

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-10 17:00:00 4.322430 2.161215 2.148439
2020-10-09 17:00:00 2.069614 2.069614 2.134744
2020-10-08 17:00:00 3.666667 3.666667 2.226428
2020-10-07 17:00:00 1.973684 1.973684 2.326461
2020-10-06 17:00:00 0.390625 0.390625 2.294693
2020-10-05 17:00:00 10.000000 1.585504 2.277729
2020-10-04 17:00:00 3.517588 1.610121 2.305423

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-10 17:00:00 2.671906 1.208300 1.101618
2020-10-09 17:00:00 1.947149 1.066296 1.099429
2020-10-08 17:00:00 1.102362 1.102362 1.087662
2020-10-07 17:00:00 0.799600 0.799600 1.079628
2020-10-06 17:00:00 1.222104 1.222104 1.053271
2020-10-05 17:00:00 1.691176 1.212441 1.012945
2020-10-04 17:00:00 1.057906 1.057906 1.020930

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-10 17:00:00 8.053366 8.053366 7.168989
2020-10-09 17:00:00 9.777495 5.479975 7.173629
2020-10-08 17:00:00 9.593207 5.341528 7.088787
2020-10-07 17:00:00 8.858492 6.709005 7.045403
2020-10-06 17:00:00 10.727865 10.727865 6.997398
2020-10-05 17:00:00 12.453048 12.453048 6.924982
2020-10-04 17:00:00 7.147814 7.147814 6.832200

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-10 17:00:00 6.981407 3.308421 3.574933
2020-10-09 17:00:00 5.456702 3.538948 3.535094
2020-10-08 17:00:00 3.242291 3.242291 3.542152
2020-10-07 17:00:00 2.649643 2.649643 3.505751
2020-10-06 17:00:00 3.712497 3.712497 3.445083
2020-10-05 17:00:00 8.110733 8.110733 3.417931
2020-10-04 17:00:00 4.008959 4.008959 3.358529

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-10 17:00:00 6.306306 6.306306 4.127486
2020-10-09 17:00:00 8.984615 4.061538 4.050962
2020-10-08 17:00:00 4.886717 2.732119 3.964570
2020-10-07 17:00:00 3.495146 3.495146 3.856478
2020-10-06 17:00:00 4.442509 4.442509 3.771003
2020-10-05 17:00:00 3.874539 3.874539 3.583905
2020-10-04 17:00:00 4.065041 4.065041 3.460220

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-10 17:00:00 3.572758 3.572758 2.953430
2020-10-09 17:00:00 3.739492 2.657262 2.926750
2020-10-08 17:00:00 3.710978 2.790986 2.925632
2020-10-07 17:00:00 4.111482 3.051941 2.899635
2020-10-06 17:00:00 3.151140 3.151140 2.890326
2020-10-05 17:00:00 2.725574 2.725574 2.888209
2020-10-04 17:00:00 2.699414 2.699414 2.874118

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-10 17:00:00 10.884006 10.884006 9.454425
2020-10-09 17:00:00 12.844037 12.844037 9.222010
2020-10-08 17:00:00 7.480315 7.480315 8.965335
2020-10-07 17:00:00 9.882089 9.882089 8.720410
2020-10-06 17:00:00 9.964830 9.964830 8.498791
2020-10-05 17:00:00 13.161132 6.271981 8.394652
2020-10-04 17:00:00 9.664537 9.664537 8.325015

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-10 17:00:00 7.999439 3.203284 2.963683
2020-10-09 17:00:00 6.003787 2.400293 2.941101
2020-10-08 17:00:00 5.494329 2.988497 2.879091
2020-10-07 17:00:00 3.478726 3.478726 2.812497
2020-10-06 17:00:00 3.289474 3.289474 2.756281
2020-10-05 17:00:00 5.150831 2.075066 2.648578
2020-10-04 17:00:00 3.282459 3.282459 2.569111

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-10 17:00:00 6.559878 6.559878 4.899880
2020-10-09 17:00:00 4.124579 4.124579 4.766648
2020-10-08 17:00:00 5.699482 5.699482 4.604988
2020-10-07 17:00:00 5.511811 5.511811 4.469140
2020-10-06 17:00:00 3.867403 3.867403 4.330911
2020-10-05 17:00:00 4.899777 1.960784 4.186883
2020-10-04 17:00:00 5.258467 5.258467 4.029250

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-10 17:00:00 1.941748 1.941748 1.385014
2020-10-09 17:00:00 1.757188 2.315789 1.328498
2020-10-08 17:00:00 1.263158 1.263158 1.245301
2020-10-07 17:00:00 0.238095 0.238095 1.205785
2020-10-06 17:00:00 1.102941 1.102941 1.130017
2020-10-05 17:00:00 1.005025 0.421053 1.087352
2020-10-04 17:00:00 3.036437 3.036437 1.096563

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-10 17:00:00 9.694415 9.694415 6.196096
2020-10-09 17:00:00 10.855683 4.086845 5.892129
2020-10-08 17:00:00 6.250000 6.250000 5.582361
2020-10-07 17:00:00 6.857855 6.857855 5.273031
2020-10-06 17:00:00 3.201507 3.201507 4.967734
2020-10-05 17:00:00 5.295950 5.295950 4.782006
2020-10-04 17:00:00 6.530612 6.530612 4.521744

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-10 17:00:00 8.417508 8.417508 8.545624
2020-10-09 17:00:00 8.843537 8.843537 8.289268
2020-10-08 17:00:00 8.513709 8.513709 8.202859
2020-10-07 17:00:00 8.163265 8.163265 7.759665
2020-10-06 17:00:00 8.179959 8.179959 7.451331
2020-10-05 17:00:00 11.238532 11.238532 7.357361
2020-10-04 17:00:00 5.923345 5.923345 7.136291

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-10 17:00:00 9.834450 14.713254 9.562054
2020-10-09 17:00:00 12.803321 12.803321 9.207156
2020-10-08 17:00:00 10.599369 10.599369 8.648829
2020-10-07 17:00:00 9.042218 9.042218 8.143724
2020-10-06 17:00:00 4.706524 8.165195 7.665587
2020-10-05 17:00:00 14.827586 4.069401 7.280520
2020-10-04 17:00:00 4.364279 4.364279 6.857810

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-10 17:00:00 5.330243 5.330243 5.770377
2020-10-09 17:00:00 7.126503 7.126503 5.575689
2020-10-08 17:00:00 8.044113 8.044113 5.420353
2020-10-07 17:00:00 6.138428 6.138428 5.217740
2020-10-06 17:00:00 3.232693 3.232693 4.982384
2020-10-05 17:00:00 4.822777 2.856160 4.779820
2020-10-04 17:00:00 9.079976 9.079976 4.557006

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-10 17:00:00 9.436834 9.436834 6.337229
2020-10-09 17:00:00 6.380952 6.380952 6.100810
2020-10-08 17:00:00 7.519242 7.519242 5.951608
2020-10-07 17:00:00 6.004756 6.004756 5.620042
2020-10-06 17:00:00 3.284672 3.284672 5.468066
2020-10-05 17:00:00 6.581900 6.581900 5.258684
2020-10-04 17:00:00 7.293035 7.293035 5.009851

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-10 17:00:00 6.088443 6.088443 5.028479
2020-10-09 17:00:00 5.421126 5.421126 4.897241
2020-10-08 17:00:00 5.389097 5.389097 4.786191
2020-10-07 17:00:00 5.317024 5.317024 4.698233
2020-10-06 17:00:00 4.383440 4.383440 4.591133
2020-10-05 17:00:00 7.609988 3.277010 4.440665
2020-10-04 17:00:00 3.606279 3.606279 4.328009

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-10 17:00:00 6.956080 3.230515 3.981464
2020-10-09 17:00:00 6.617345 3.055213 3.985763
2020-10-08 17:00:00 5.556466 5.556466 3.936480
2020-10-07 17:00:00 4.575263 4.575263 3.865775
2020-10-06 17:00:00 4.237632 4.237632 3.730411
2020-10-05 17:00:00 5.056026 5.056026 3.649464
2020-10-04 17:00:00 3.278689 3.278689 3.509217

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-10 17:00:00 10.185185 5.285494 4.779100
2020-10-09 17:00:00 9.698137 4.174695 4.795211
2020-10-08 17:00:00 -2.341790 7.151980 4.735538
2020-10-07 17:00:00 1.035362 5.555556 4.689938
2020-10-06 17:00:00 3.974359 3.974359 4.519761
2020-10-05 17:00:00 8.296943 1.623932 4.327605
2020-10-04 17:00:00 6.153846 6.153846 4.105909

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-10 17:00:00 28.205128 8.974359 9.926303
2020-10-09 17:00:00 15.789474 15.789474 9.747776
2020-10-08 17:00:00 11.612903 11.612903 9.033958
2020-10-07 17:00:00 9.554140 9.554140 8.468437
2020-10-06 17:00:00 5.747126 5.747126 8.128449
2020-10-05 17:00:00 13.131313 13.131313 7.636805
2020-10-04 17:00:00 6.250000 6.250000 6.931076

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-10 17:00:00 10.222303 10.222303 6.405369
2020-10-09 17:00:00 11.177907 5.185046 5.898049
2020-10-08 17:00:00 7.507645 7.507645 5.580051
2020-10-07 17:00:00 5.360206 5.360206 5.287095
2020-10-06 17:00:00 4.959328 4.959328 5.012501
2020-10-05 17:00:00 9.319287 9.319287 4.859457
2020-10-04 17:00:00 4.819055 4.819055 4.664762

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 7.148289 7.148289 4.664726
Basilicata 4.322430 2.161215 2.148439
Calabria 2.671906 1.208300 1.101618
Campania 8.053366 8.053366 7.168989
Emilia-Romagna 6.981407 3.308421 3.574933
Friuli Venezia Giulia 6.306306 6.306306 4.127486
Lazio 3.572758 3.572758 2.953430
Liguria 10.884006 10.884006 9.454425
Lombardia 7.999439 3.203284 2.963683
Marche 6.559878 6.559878 4.899880
Molise 1.941748 1.941748 1.385014
P.A. Bolzano 9.694415 9.694415 6.196096
P.A. Trento 8.417508 8.417508 8.545624
Piemonte 9.834450 14.713254 9.562054
Puglia 5.330243 5.330243 5.770377
Sardegna 9.436834 9.436834 6.337229
Sicilia 6.088443 6.088443 5.028479
Toscana 6.956080 3.230515 3.981464
Umbria 10.185185 5.285494 4.779100
Valle d'Aosta 28.205128 8.974359 9.926303
Veneto 10.222303 10.222303 6.405369

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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